故事发生在被天空之壁分为三区块的假面骑士Build的世界，这里竟然出现了假面骑士Ex-Aid世界的敌人崩源御灵真仙。面对神秘敌人而毫无应对方法的桐生战兔，他一筹莫展之时一个身体半边被金属覆盖的神秘男人在他眼前登场。 面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群假面骑士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开……